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Los restos arqueológicos más antiguos atribuidos a la presencia humana en el Perú corresponden al XII milenio a. C., mucho tiempo después de que los primeros humanos, recolectores y cazadores procedentes del Asia, cruzaran el Estrecho de Bering. Esta fecha se basa en los restos de Paccaicasa, en la cueva de Piquimachay (Departamento de Ayacucho).

Se han encontrado vestigios del origen de la agricultura americana en la Cueva del Guitarrero en Yungay, Ancash de hace 12.600 años (10.600 a. C.), de poblaciones en La Libertad de doce mil años de edad y en Tacna de hace once mil años. Hacia el final de la última glaciación estos primeros pobladores comenzaron el lento proceso de domesticación de la biota local (véase: Revolución Neolítica) y consecuentemente a reunirse en tribus y aldeas para formar eventualmente ayllus.

A mediados del III milenio a. C. se instauraron las primeras ciudades-estado de régimen teocrático. La civilización de Caral, la más antigua del continente americano, fue coetánea de otras como las de China, Egipto, India y Mesopotamia; habiéndose convertido ya en aquella época en una ciudad estado, rodeada por otras civilizaciones enmarcadas aún en lo que se denomina "sociedad aldeana". Así, se trata de una de las zonas geográficas que pueden considerarse como cuna de la civilización del mundo por su antigüedad (c. 5.000 años). A finales de este período, la Chavín prevaleció sobre las demás, hasta que decayó su influencia y se incentivó el desarrollo de Estados más amplios en la base de nuevas culturas locales como Mochica, Lima, Nazca, Wari y Tiwanaku o Tiahuanaco.

La cultura Wari o Huari desarrolló el modelo clásico del Estado andino con el surgimiento de las ciudades de corte imperial, modelo que expandió por el norte hacia el siglo VIII. Esta cultura junto con la Tiwanaquense lograron superponerse a las demás hasta fines del siglo IX. A partir de entonces, se erigen nuevos estados imperiales de alcance regional a lo largo de los Andes (como Chimú) con el desarrollo de Estados con mayor territorialidad. De entre estos señoríos destaca el de los incas, el cual hacia el siglo XV anexó todos los pueblos andinos entre los ríos Maule y Ancasmayo, alcanzando un área cercana a los 3 millones de km², hoy ubicada en los territorios de Colombia, Ecuador, Perú, Bolivia, Argentina y Chile, conformando lo que hoy se conoce como el Imperio Inca. Su capital fue el Cusco, ubicada en la sierra peruana. Además de su poderío militar, destacaron en arquitectura, construyendo magníficas estructuras como la ciudadela de Machu Picchu, votada como una de las Nuevas maravillas del mundo.